İstanbul Süper Amatör Küme’de 2008-2009 sezonun grupları belli oldu. 72 takımla yapılması planlanan lig, Küçükçekmecespor’un 3. Lig’den düşmesi ve buna karşın İstanbul’dan 3. Lig’e takım çıkmaması nediniyle 73 takımla oynanacak. Bu nedenle 1. Grup 13, diğer gruplar 12 takımla oynanacak. Küçükpazarspor ve Esenkent Boğazköyspor ligden çekildi.
En ilginç olay, İstanbul futbolunun son yıllardaki 3 ağır topu Beylikdüzü, Hadımköy ve Ümraniye’nin aynı gruba düşmesiydi. Gruplar şöyle:
1. Grup: Orhanlı Belediyespor, Sultantepespor, Ayazağaspor, İdealtepespor, Leventspor, Hürriyetgücü, Yeşil Esenyurtspor, Hasköyspor, Tepebağ Kültürspor, Reşadiyespor, Karadenizspor, Pazariçi Köprülüspor, Sultanbeyli Belediyespor
2. Grup: Beşyüzevlerspor, Mimarsinan Belediyespor, Cankurtaranspor, Kocasinanspor, Ortaköyspor, İncirlispor, Vefaspor, Dudulluspor, Bağlarbaşıspor, Avcılar Belediyespor, Anadolu Hisarı, Kulaksız Okspor
3. Grup: Mustafakemalpaşaspor, Alibeyspor, Beylikdüzüspor, Yeniköyspor, Zara Ekinlispor, Kirazlıtepespor, Ümraniyespor, Sütlücespor, Kadırgaspor, İstanbul Sinopspor, Gürselspor, Hadımköyspor
4. Grup: Nurtepespor, Feriköyspor, Büyükçekmecespor, Bayrampaşa Tunaspor, Sultançiftliğispor, Gülsuyuspor, Kaynarcaspor, Dikilitaşspor, Halkalı İFA, Galataspor
5. Grup: Çıksalınspor, Gürpınarspor, Taksimspor, Haliçspor, Batı Trakyaspor, Silivrispor, Selimiyespor, Yıldıztabyaspor, Tuzlaspor, Bayrampaşaspor, İstanbul Bayburtspor, Bağcılarspor
6. Grup: Fikirtepe Dumlupınar, Güzelcespor, Çengelköyspor, Albayrakspor, Bakırköyspor, İstinyespor, Kağıthane Güllüoğluspor, Erokspor, Paşabahçespor, Samandıraspor, Küçükçekmecespor, Dolayobaspor.